Starania o utworzenie w Kołobrzegu placówki muzealnej zapoczątkowali w 1947 roku członkowie Oddziału Polskiego Towarzystwa Krajoznawczego, założonego przez Jana Frankowskiego. Ich inicjatywę poparło Towarzystwo Miłośników Kołobrzegu, a wyłoniony z niego w 1957 r. Społeczny Komitet Organizacyjny Muzeum Regionalnego w Kołobrzegu, przez sześć lat prowadził działania związane z utworzeniem muzeum w odbudowywanym ze zniszczeń wojennych mieście.

9 maja 1963 r. Prezydium Powiatowej Rady Narodowej w Kołobrzegu wydało zarządzenie nr 7/63 o utworzeniu muzeum regionalnego. Muzeum zlokalizowano w odbudowanej przez Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Koszalinie zabytkowej Kamienicy Kupieckiej z XV w. Powstały dwie sale wystawowe, jedna na parterze i jedna na piętrze o łącznej powierzchni 190 m2. Poza tym na piętrze dwa pokoiki o powierzchni 25 m2 przeznaczono na biuro.

Pierwszym kierownikiem muzeum był Franciszek Rożnowski - antropolog, który przy współpracy z Muzeum w Koszalinie przystąpił do organizacji nowej placówki.

Dziś, po 63 latach, muzeum nadal pozostaje ważnym miejscem na mapie Kołobrzegu — miejscem pamięci, historii i spotkań z przeszłością. Zmienia się i rozwija, ale niezmiennie realizuje swoją misję ochrony lokalnego dziedzictwa.